伊賀流忍者博物館は一見普通のお城ですが、中には忍者屋敷ならではの秘密が隠されています。博物館に入ると、くノ一に変装したスタッフが案内しながら屋敷に施された仕掛けを解説してくれます。

「忍術体験館」では実際に忍者が使っていた道具や暗号などの貴重な資料を見られるほか、手裏剣打ちを体験することができます。忍者になりきった後は、忍者集団「阿修羅」による迫力ある実演ショーもお見逃しなく。
売店の「Ninja坊」ではお土産用に忍者のオリジナルグッズを販売しています。